COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 17.082019
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.979308
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.399857
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 18.015917
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 18.367517
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 18.709934
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.113197

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 14.757864
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 14.482811
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 13.900674
2021-04-12 17:00:00 12.605042 12.605042 13.181123
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 13.061536
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 12.802489
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 12.980579

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 25.799184
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.521306
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.431885
2021-04-12 17:00:00 33.632287 10.760402 25.314230
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 25.199917
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.772195
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 24.564812

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 18.191692
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 17.714126
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 17.561506
2021-04-12 17:00:00 15.096860 33.600534 17.409476
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 17.377893
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 16.976422
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 16.591170

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 15.317669
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 15.121887
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 15.617408
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 15.801229
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 15.800621
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 15.874515
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 15.912531

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 36.114557
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 35.490570
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 34.859663
2021-04-12 17:00:00 62.896175 62.896175 36.080283
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 36.637442
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 37.513348
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 38.384489

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 14.376755
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 14.210398
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 14.977825
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 15.103303
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 15.268295
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 15.400675
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 15.604621

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.705703
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.627842
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.573275
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.380778 6.586914
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.625930
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.672119
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.828778

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 16.190679
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 16.199226
2021-04-13 17:00:00 10.153846 17.450549 16.167065
2021-04-12 17:00:00 14.312442 18.802619 16.439811
2021-04-11 17:00:00 16.222760 19.588378 16.573887
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.704364
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.858030

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 30.051618
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 30.497762
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 29.347191
2021-04-12 17:00:00 21.362760 49.325048 29.105232
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 29.184141
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 29.488081
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 29.747680

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.721627
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.473091
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.909450
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.594371 12.753591
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 12.802124
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 13.054222
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 13.466964

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.199307
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 5.867397
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 5.494781
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.252827
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 5.173611
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 5.059209
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.120056

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.578318
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 6.006335
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.935658
2021-04-12 17:00:00 4.810997 4.810997 6.155453
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 6.391794
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 6.744523
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 7.032929

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 43.711935
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 43.623323
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 44.389842
2021-04-12 17:00:00 27.586207 39.925373 44.071439
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 44.441376
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 44.335500
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 44.353943

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 19.863184
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 19.895220
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 20.148845
2021-04-12 17:00:00 21.052632 18.399651 20.533198
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 20.898320
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 21.261797
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 21.676764

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 43.591740
2021-04-14 17:00:00 63.077575 63.077575 40.941664
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 41.823537
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 41.260705
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 41.801812
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 42.360396
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 42.240907

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 8.938579
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.282851 8.975971
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.002302
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.142498
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.173313
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 9.181372
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.338209

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.793401
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 14.269451
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.724877
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 15.321275
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 16.117548
2021-04-10 17:00:00 13.902715 13.902715 17.095310
2021-04-09 17:00:00 13.937766 13.937766 18.437579

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 12.852090
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 12.823005
2021-04-13 17:00:00 12.172553 12.172553 12.552629
2021-04-12 17:00:00 17.866067 8.824981 12.741788
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.018936
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.156137
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 13.325973

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 18.818216
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 18.834014
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.496474
2021-04-12 17:00:00 24.390244 17.600000 17.992001
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 18.161978
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 17.969390
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 18.075760

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 30.465210
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 28.274743
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 27.881020
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 28.571402
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 28.797119
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 28.014780
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 26.653955

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 26.161486
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 25.736596
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 25.656284
2021-04-12 17:00:00 23.128448 38.928290 25.751587
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 25.991441
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 26.056370
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 26.588479

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.755598 13.755598 14.757864
Basilicata 27.468354 27.468354 25.799184
Calabria 18.082015 18.082015 18.191692
Campania 13.651710 13.651710 15.317669
Emilia-Romagna 38.461538 38.461538 36.114557
Friuli Venezia Giulia 20.506912 20.506912 14.376755
Lazio 6.985661 6.985661 6.705703
Liguria 14.990792 14.990792 16.190679
Lombardia 28.024297 28.024297 30.051618
Marche 13.749473 13.749473 13.721627
Molise 8.368794 8.368794 6.199307
P.A. Bolzano 3.186275 3.186275 5.578318
P.A. Trento 42.391304 42.391304 43.711935
Piemonte 20.060308 20.060308 19.863184
Puglia 46.489044 46.489044 43.591740
Sardegna 7.810750 7.810750 8.938579
Sicilia 14.256219 14.256219 13.793401
Toscana 13.238200 13.238200 12.852090
Umbria 15.466667 15.466667 18.818216
Valle d'Aosta 35.576923 35.576923 30.465210
Veneto 24.954002 24.954002 26.161486

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Apr 15 18:29:51 2021 revision 262, c863e655